大约在同一时候（5月9日），克林顿总统打来一个热线电话以表达他个人的歉意，但江拒绝接听电话。“这一错误让我十分震惊并深感不安，我马上打电话向江泽民道歉。”克林顿回忆道。他将这一悲剧性的误炸事件称作“这场战争期间最严重的一次政治挫折”。但中国领导集体已经作出决定，任何来自美方的道歉都必须以国家的名义正式作出，而不应该在两国领导人之间私下进行。克林顿放弃了外交礼仪，“公开并反复地”道了歉。

同一天，克林顿正式致信江，“代表美国人民”对炸馆事件表示“道歉和真诚的哀悼”。他强调说，这次袭击事件“绝对不是蓄意的，也不是故意的，而是一个显而易见的错误”。“我不怪人们为此而不高兴，我本人也对此感到不高兴，”克林顿说，“但我们在这件事情上需要把握分寸。”

5月14日，在经过一周的紧张沉默之后，江主席接听了克林顿打来的一个电话。在30分钟的交谈中，克林顿再次对这一悲剧表达了他真诚的遗憾，并向受伤的中国使馆人员致以慰问，向遇难者家属表示哀悼。克林顿后来描述了他在炸馆事件后与江的第一场谈话。“我再次道了歉，并告诉他，我确定他不会相信我会在知道的情况下袭击中国使馆。江回答说，他知道我不会这么做，但他相信五角大楼或中情局中有人并不赞同我扩大与中国的接触，他们可能存心在地图上做了手脚，以引起我们之间的裂痕。江很难相信，一个像我们这样技术如此先进的国家会犯这样的错误。”然后克林顿若有所思地说，“我也很难相信，但事实就是如此。”克林顿向江保证，将对这一事件进行调查，并会尽快让中国人民知道事件真相。江表示，他“注意到”了美方的道歉，这个外交辞令意味着北京最终愿意接受克林顿的反复道歉。江声明，那些抗议活动都是人民自发的反应，并告诉克林顿，要想修复两国业已受损的关系完全取决于美方。

5月7日，我们遭受了（科索沃）战争中最糟糕的政治挫折。北约轰炸了驻贝尔格莱德的中国大使馆，炸死三名中国公民。我很快获悉，炸弹击中了预定目标，但这个目标是依据中央情报局过时的地图确定的，中国大使馆被错误地认定为塞尔维亚政府的用于军事目的的建筑。这种错误是我们先前一直努力要避免的。我目瞪口呆， 对这个错误深感不安，我立即打电话向江泽民道歉。他不接我的电话，因此我公开地反复地道歉。

在随后的三天里，全中国的抗议活动都升级了。中国人说，他们相信轰炸是有意的，而且拒绝接受我的道歉。一个星期后，我终于和江主席通了话，我再次道歉，并且跟他说，我相信他不会相信我会故意炸他的大使馆。江泽民回答说，他知道我不会。但是他又说，他相信在五角大楼或中央情报局内有人不满我跟中国接触的政策，因此可能故意在地图上做手脚，造成我们之间的冲突。江泽民很难相信，我们美国这样一个科技先进的国家会犯这种错误。

我也很难相信。但是，事情就是这样发生了。最后我们终于走过了这段一度非常崎岖的路程。后来，我任命了刚从美国太平洋战区总司令的职务上退下来的普理赫将军担任美国驻华大使。他在中国军方享有很高的尊重。我认为他将有助于修补关系。